Nokrišņu daudzums Daugavas baseinā Latvijas teritorijā bija 111%, Aiviekstes un Salacas baseinos 80%, Gaujas 57%, Lielupes 105%, Ventas 92% no normas. Septembrī lielākais nokrišņu daudzums (95–112 mm) reģistrēts Rucavā, Rēzeknē un Kalnciemā, bet mazākais (37–42 mm) Madonā, Mērsragā un Alūksnē. Lietainākā bija septembra pirmā dekāde, daudzviet īpaši stipri lija 7. un 8. septembrī.
Kaut gan nokrišņu daudzums septembrī bija lielāks nekā augustā, upēs turpinājās vasaras mazūdens periods. Upju notece joprojām bija ievērojami mazāka par ilggadējiem vidējiem lielumiem. Daugavas ūdenīgums bija 29%, Aiviekstes 27%, Gaujas 55%, Lielupes 22%, Ventas 32%, no normas (1. attēls). Vidējā ūdens pietece Pļaviņu HES bija 96,8 m³/s, minimālā pietece 91,1 m³/s novērota 6. septembrī, maksimālā pietece 111 m³/s – 30. septembrī.
Tā kā septembris iesākās ar lietu, daudzviet ūdens līmenis upēs pakāpeniski sāka paaugstināties. Zemākie ūdens līmeņi Daugavā, Gaujā pie Siguldas, Amatā, Mēmelē, Viesītē, Tērvetē un Misā reģistrēti 1. septembrī. Tomēr vairumā Vidzemes un Kurzemes upju laikā ūdens līmenis visvairāk pazeminājās periodā no septembra otrās dekādes vidus līdz trešās dekādes sākumam, dažviet, piemēram, Dubnā, Aiviekstē, Sedā, Lielupes augštecē, Mūsā, Bārtā, Abavā un Užavā no 25. līdz 30. septembrim.
Savukārt augstākie ūdens līmeņi Latvijas upēs galvenokārt novēroti septembra pirmajā dekādē periodā no 6. līdz 10. septembrim, Rēzeknē, Aiviekstes lejtecē, Lielajā Juglā, Gaujā pie Velēnas un Siguldas, Palsā, Rūjā, Bārtā un Užavā no 21. līdz 27. septembrim, bet Daugavā un Amatā – 30. septembrī.
Mēneša gaitā ūdens līmenis Daugavā posmā no Piedrujas līdz Jēkabpilij paaugstinājās tikai par 9–28 cm. Minimālais ūdens līmenis pie Daugavpils un Jēkabpils šī gada septembrī praktiski bija tikpat zems kā 2002. gada septembrī. Gaujas augštecē un vidustecē līmeņa svārstību intervāls mēnesī sasniedza tikai 5–15 cm, Salacā 6– 8 cm, Lielupes augštecē 14 cm, Ventā 28–59 cm. Savukārt Gaujas, Daugavas un Lielupes jūras ietekmētajās lejtecēs vēja rezultātā novērotas krasākas ūdens līmeņu svārstības 82–88 cm intervālā. (2. attēls).
Augstākā ūdens temperatūra vairumā Latvijas upju novērota periodā no 1. līdz 4. septembrim. Vidzemes upēs ūdens šai laikā bija iesilis līdz +13...+18° C, Latgales upēs +16...+20° C, Zemgales upēs +16...+21° C un Kurzemes upēs +15...+20° C robežās. Turpmākajā mēneša gaitā ūdens pakāpeniski atdzisa, zemākās vērtības sasniedzot 30. septembrī. Ūdens temperatūra Vidzemes upēs noslīdēja līdz +8...+12° C, Latgales upēs +8...+13° C, Zemgales upēs +9...+14° C un Kurzemes upēs +9...+12° C.
Septembrī ūdensaugi lielākajās upēs galvenokārt auga tikai gar krastiem, bet mazāko upju lēnākajos posmos pa visu teces šķērsgriezumu, aizņemot pat 8–9 balles no upes šķērsprofila. Trešās dekādes otrajā pusē ūdensaugi vietām bija nogūluši upes dibenā.