Nokrišņu daudzums Daugavas baseinā Latvijas teritorijā bija 44%, Aiviekstes 53%, Gaujas 40%, Salacas 32%, Lielupes 50%, Ventas 49% no normas. Septembrī lielākais nokrišņu daudzums (54–58 mm) reģistrēts Kurzemes dienvidrietumu daļā, bet mazākais (15–20 mm) Kurzemes un Vidzemes ziemeļrietumu daļā un arī Latgales dienvidaustrumos.
Daugavas ūdenīgums bija 52%, Aiviekstes 90%, Gaujas 69%, Lielupes 97%, Ventas 56%, no normas (1.attēls).
Vidējā ūdens pietece Pļaviņu HES bija 183 m³/s, maksimālā pietece 211 m³/s novērota 2. un 3. septembrī, minimālā pietece 159 m³/s – 29. septembrī.
Septembrī Latvijas lielākajās upēs pārsvarā bija vērojamas nelielas, vasaras mazūdens periodam raksturīgas ūdens līmeņu svārstības. Daugavā ūdens īmeņa svārstību intervāls mēnesī sasniedza tikai 9–24 cm, Gaujā 42–72 cm, Ventā 40–49 cm, Lielupē 59–84 cm. Savukārt mazākajās upēs, īpaši Vidzemes rietumu daļas upēs, kur augusta beigās bija straujš lietus uzplūdiens, septembra pirmajā dekādē turpinājās samērā strauja ūdens līmeņu pazemināšanās. Mēneša ūdens līmeņu svārstību intervāls Mazajā Juglā sasniedza 110 cm, Lielajā Juglā 263 cm (2. attēls).
Augstākie ūdens līmeņi Latvijas upēs galvenokārt novēroti septembra pirmajā dekādē periodā no 1. līdz 5. septembrim, Bērzē, Svētē, Ventā un Bārtā no 13. līdz 16. septembrim, bet jūras ietekmētajās upju lejtecēs – 23. un 27. septembrī.
Mēneša noteces minimums un zemākie ūdens līmeņi pārsvarā reģistrēti laikā no septembra otrās dekādes beigām līdz trešās dekādes vidum, tikai dažviet, piemēram, Rūjā un Svētē no 7. līdz 9. septembrim, bet Sedā, Mēmelē, Abavā – no 29. līdz 30. septembrim.
Augstākā ūdens temperatūra vairumā Latvijas upju novērota periodā no 11. līdz 14. septembrim, bet Lielajā Juglā, Gaujā no Valmieras līdz Siguldai, Bārtā un Rojā no 8. līdz 10. septembrim. Vidzemes upēs ūdens šai laikā bija iesilis līdz +14...+16° C, Latgales upēs +15...+20° C, Zemgales +15...+18° C un Kurzemes upēs +15...+19° C robežās. Turpmākajā mēneša gaitā ūdens pakāpeniski atdzisa, zemākās vērtības sasniedzot septembra trešajā dekādē, laikā no 24. līdz 30. septembrim. Ūdens temperatūra Vidzemes upēs noslīdēja līdz +8...+11° C, Latgales upēs un Kurzemes upēs +10...+12° C, Zemgales upēs +10...+13° C. Vidējā ūdens temperatūra septembrī bija Daugavā un Ventā 1.3° C, Gaujā 0.9° C, Lielupē 0.7° C virs normas.
Septembrī ūdensaugi lielākajās upēs daudzviet auga tikai gar krastiem, bet mazāko upju lēnākajos posmos pa visu teces šķērsgriezumu, aizņemot pat 8–9 balles no upes šķērsprofila. Trešajā dekādē ūdensaugi vietām bija nogūluši upes dibenā.