Septembra vidējā gaisa temperatūra Latvijā bija +12,4 °C, kas ir 0,7 °C virs mēneša normas. Mēneša minimālā gaisa temperatūra −3,2 °C tika novērota 26. septembrī Madonā, bet maksimālā gaisa temperatūra +29,5 °C – 1. septembrī Liepājā. Visstiprākās vēja brāzmas (25,8 m/s) tika novērotas 15. septembrī Ventspilī.
Kopējais nokrišņu daudzums Latvijā septembrī bija 82,1 mm, kas ir 24% virs mēneša normas (66,1 mm). Visvairāk nokrišņu bija Rucavā – 150,2 mm, bet vismazāk nokrišņu – Dobelē (40,3 mm). Septembrī Latvijas upju baseinu nokrišņu daudzums bija tuvs normas vērtībām vai pat pārsniedza tās. Kopumā nokrišņu daudzums septembrī Daugavas baseinā Latvijas teritorijā bija 117%, Aiviekstes baseinā 124%, Gaujas baseinā 156%, Salacas baseinā 145%, Lielupes baseinā 104% un Ventas baseinā 105% no normas.
Kopumā mēneša vidējā upju notece arī septembrī saglabājās zem ilggadēji vidēji novērotajām vērtībām. Septembrī ūdenīgums Salacas baseinā 58%, Gaujas baseinā 71%, Daugavas baseinā 59%, Aiviekstes baseinā 57%, Ogres baseinā 33%, Lielupes baseinā 20% un Ventas baseinā 52% no normas. Vidējā ūdens pietece Pļaviņu HES septembrī bija 194 m3/s, maksimālā pietece 235 m3/s novērota 1. septembrī, bet minimālā pietece 180 m3/s novērota mēneša 14. septembrī.
Lielākajā daļā Latvijas upju ūdens līmeņa gaita septembrī bija bez izteiktiem maksimumiem, svārstību amplitūda nebija liela, tomēr atsevišķās upēs situācija bija atšķirīga.
Daugavā ūdens līmeņa svārstība bija 0,26–0,44 m, Daugavas augštecē vēl mazāka. Pļaviņu ūdenskrātuvē ūdens līmeņa svārstību intervāls septembrī bija lielāks 1,51–1,66 m, bet upes lejteces posmā 1,15–1,19 m. Daugavas baseina upēs septembrī novēroti atšķirīgi ūdens līmeņa svārstību intervāli, ūdens līmenis pārsvarā svārstījās 0,03–0,47 m amplitūdā.
Zilupē ūdens līmeņa svārstību amplitūda septembrī bija 0,13 m.
Salacas baseina upēs ūdens līmeņa svārstību amplitūda septembrī bija 0,18–0,68 m robežās.
Gaujas baseinā ūdens līmeņa svārstības septembrī bija atšķirīgas. Gaujā no Velēnas līdz Siguldai ūdens līmeņa svārstību intervāls bija 0,24–0,47 m, bet upes lejteces posmā pie Carnikavas 1,12 m. Citās Gaujas baseina upēs ūdens līmeņa svārstības septembrī bijušas 0,08–0,53 m intervālā, lielākās Amatā pie Melturiem.
Lielupē ūdens līmeņa svārstību intervāls upes posmā Staļģene–grīva septembrī bija 0,65–0,95 m, bet upes augštecē pie Mežotnes tikai 0,14 m. Lielupes baseina upēs bija atšķirīga ūdens līmeņa svārstību amplitūda, lielākajā daļā upju tas svārstījās 0,06–0,38 m, bet vairāku upju posmos ūdens līmenis svārstījās pat 0,69–0,89 m.
Ventā ūdens līmeņa svārstību intervāls bija 0,21–0,29 m, tās lejteces posmā pie Vendzavas pat 0,75 m. Ventas baseina upēs ūdens līmeņa svārstību amplitūda bija 0,04–0,21 m, atsevišķos upju posmos pat 0,59–0,73 m. Citās Kurzemes upēs ūdens līmeņa svārstību intervāls septembrī bija 0,06–0,21 m robežās, bet Durbē, Užavā un atsevišķos citu upju posmos pat 0,47–1,08 m.
Septembra sākumā ūdens temperatūra Latvijas ūdenstilpēs bija 12–22 °C, mēneša otrajā pusē, līdz ar gaisa temperatūras pazemināšanos, ūdens ūdenstilpēs pakāpeniski atdzisa. Mēneša beigās ūdens temperatūra ūdenstilpēs bija 7–14 °C.
Septembrī seklākajos un lēnākajos upju posmos ūdensaugi auga visā upes šķērsgriezumā, citviet galvenokārt gar krastiem.