Kopējais nokrišņu daudzums Latvijā septembrī bija 48,8 mm, kas ir 26% zem mēneša normas (66,1 mm). Visvairāk nokrišņu bija Vičakos – 109,0 mm, bet vismazāk nokrišņu – Zīlānos (23,0 mm).
Lielākajā teritorijas daļā nokrišņu bija salīdzinoši maz, tomēr valsts ziemeļu daļas upju baseinos septembrī kopumā izkritušo nokrišņu daudzums bija tuvs ilggadēji vidējām vērtībām. Nokrišņu sadalījums mēneša griezumā bija nevienmērīgs, lielākā daļa nokrišņu izkrita septembra trešajā dekādē.
Kopumā nokrišņu daudzums septembrī Daugavas baseinā Latvijas teritorijā bija 69%, Aiviekstes baseinā 68%, Gaujas baseinā 65%, Lielupes baseinā 65% un Ventas baseinā 79% no normas, bet Salacas baseinā sasniedza normu (1. attēls).
Septembris bija silts, mēneša sākums arī diezgan sauss, tāpēc septembrī Latvijas upēs joprojām turpinājās mazūdens periods un upju ūdenīgums bija krietni zem vidēji ilggadīgi novērotajiem lielumiem šajā mēnesī. Attiecīgi septembrī Daugavas ūdenīgums bija 38%, Aiviekstes 21%, Gaujas 43%, Lielupes 30% un Ventas 24% no normas (2. attēls). Vidējā ūdens pietece Pļaviņu HES septembrī bija 120 m3/s, maksimālā pietece 127 m3/s novērota 2. septembrī, bet minimālā pietece 113 m3/s novērota trīs secīgās dienās mēneša vidū (15.–17. septembris).
Mazūdens periodā ūdens līmenis un caurplūdums ir zemi, jo upes galvenokārt barojas no gruntsūdeņiem, tomēr ūdens līmeņa svārstības izraisa vējš un nokrišņi. Septembra otrajā un trešajā dekādē Latvijas upēs vēja ietekmē vairākas reizes novērota ūdens līmeņa paaugstināšanās piekrastes upēs un Rīgas līcī ietekošo upju grīvu posmos (3. attēls).
Īpaši spēcīgs vējš novērots 26. un 27. septembrī, kad brāzmās pat tika sasniegts vētras spēks (4.attēls). Spēcīgā vēja ietekmē ūdens līmenis līča dienvidu daļā, Daugavas lejtecē un Ķīšezerā bija augsts, atsevišķās vietās tas paaugstinājās par vairāk nekā 90 cm. Maksimālais ūdens līmenis tika sasniegts 27. septembra naktī ap plkst. 1. Vējuzplūdu ietekmēta ūdens līmeņa strauja paaugstināšanās bija vērojama arī Gaujas un Ventas lejtecēs, kā arī Lielupē, apmēram 80 km garā posmā līdz pat Staļģenei.
Savukārt vējuzplūdu neietekmētajās upēs un upju posmos ūdens līmeņa svārstību amplitūda septembrī lielākoties bija maza, ūdens līmeņa gaitai nebija izteikts kāpums vai kritums, tā bija stabila (5.attēls). Latvijas ziemeļdaļas upēs (Irbe un Salacas baseina upes) septembra trešajā dekādē nokrišņu ietekmē ūdens līmenis sāka pakāpeniski paaugstināties.
Daugavā septembrī ūdens līmenis bija stabils ar nelielām ūdens līmeņa svārstībām, bez izteikta maksimuma vai minimuma perioda (6.attēls). Daugavā ūdens līmenis paaugstinājās mēneša trešajā dekādē upes augšteces posmā pēc stipriem nokrišņiem. Krasas ūdens līmeņa svārstības vējuzplūdu ietekmē Daugavas lejtecē septembrī atkārtojās vairākkārt (3.attēls), kopumā septembrī Daugavas lejtecē un Ķīšezerā ūdens līmenis svārstījās 85–137 cm ampiltūdā. Daugavas baseina upēs septembrī lielākoties novērotas nelielas ūdens līmeņa svārstības.
Gaujā un tās baseina upēs visu mēnesi, bet un Salacā un tās baseina upēs pirmās divas septembra dekādes ūdens līmenim bija tendence pazemināties vai nedaudz svārstīties (7. attēls). Septembra trešajā dekādē nokrišņu ietekmē Salacas baseina upēs ūdens līmenis paaugstinājās par 10–45 cm. Gaujas lejtecē situācija bija atšķirīga, jo tur noteicošā loma ūdens līmeņa svārstībām septembrī bija vējuzplūdiem, kas izraisīja upes lejtecē ūdens līmeņu svārstību amplitūdu mēneša gaitā vairāk nekā 130 cm robežās, augstākais ūdens līmenis bija 27. septembrī un tas bija tikai dažus centimetrus zem palieņu applūšanas līmeņa.
Lielupes augštecē un lielākajā daļā Lielupes baseina upju ūdens līmenis septembrī nedaudz svārstījās ar tendenci pazemināties (8. attēls). Lielupes posmā no Staļģenes līdz grīvai ūdens līmeņa krasākas svārstības regulāri izraisīja vējuzplūdi, visaugstākais ūdens līmenis šajā upes posmā bija novērots 27.septembrī, kad Lielupes lejtecē tika nedaudz pārsniegts palieņu applūšanas līmenis. Kopumā Staļģenes–Slokas posmā ūdens līmenis svārstījās 80–117 cm, bet Bērzē pie Baložiem 90 cm amplitūdā. Citās Zemgales upēs ūdens līmenis lielākoties pakāpeniski pazeminājās vai svārstījās.
Septembrī Kurzemes upēs lielākoties ūdens līmenis pazeminājās vai svārstījās (9. attēls). Lielākās ūdens līmeņa svārstības novērotas Ventas lejtecē vējuzplūdu ietekmē un Irbes upē nokrišņu ietekmē mēneša trešajā dekādē.
Septembra sākumā ūdens upēs bija silts, diennakts vidējā ūdens temperatūra upēs lielākoties bija +15–20°C (10. attēls). Mēneša vidū pazeminājās gaisa temperatūra, līdz ar to vesāks kļuva arī ūdens ūdenstilpēs. Tuvojoties otrās dekādes izskaņai un trešās dekādes sākuma gaisa temperatūra paaugstinājās, tādēļ iesila arī ūdens ūdenstilpēs un diennakts vidējā ūdens temperatūra paaugstinājās par pāris grādiem. Trešās dekādes vidū kļuva ievērojami vēsāks gaiss un ūdens atdzisa, diennakts vidējā temperatūra vairākās upēs vai upju posmos noslīdēja zem 10°C atzīmes.
Septembrī upēs turpinājās veģetācijas attīstība, ūdensaugi bija novērojami gar krastiem, atsevišķos upju posmos pa visu teces šķērsgriezumu.